Natura 2000 est un réseau européen de sites naturels protégés. Six sites ont été identifiés sur le territoire de l’agglomération pour la rareté ou la fragilité des espèces sauvages, animales ou végétales et de leurs milieux naturels. Ces sites font l’objet d’un document d’objectifs établi en concertation avec les différents acteurs du territoire qui définit les mesures nécessaires à la préservation des milieux. Cap l’Orient est opérateur pour deux d’entre eux.